神仏同体、神仏習合。寺々は境内に守護神社を祀り、神社には神宮寺が設けられました。 社前の祈祷に僧も経を唱えたり、舎利を献ずる神社もありました。 あるいは、社（やしろ）で放生会（ほうじょうえ）を催したりも。

太古の頃、伊弉諾尊が長等山の地主神として降臨したのが縁起の始まりとされ、 神はいつも赤、白、黒三本の腰帯を垂らしていたのが 三つの尾を曳くように見えたところから「三尾」と名づけられました。

腰帯は、それぞれ赤尾神、白尾神、黒尾神となり、本神である赤尾神が最初に三井寺山中琴緒谷（ことおだに）に出現。 それが、卯年の卯月卯日、卯の刻に、卯の方角から現れたため、当社の使いとして、 瑞祥の神獣である兎が選ばれたと伝えられています。御神紋も「真向き（まむき）の兎」。 その後、白尾神が現在地に、黒尾神は鹿関（かせぎ）の地に出現しますが、三神は明治になって当地に合祀されます。

全国でも兎にゆかりを持つ宮は珍しく、卯年の今年は大勢のお参りが見られます。 とりわけ、初詣でには、連日、何台もの観光バスからあふれる人たちでとても賑わいました。 卯年生まれの守護神。縁結び、安産に霊験あらたかな社です。